到了嘉靖三十七年，时任河南巡抚章焕来睢州巡视，遂令在州城南关外居民稠密之处，再修筑一座新城。

这座新城和原来的旧城有不同之处，主要在于新城的城墙全部都是用砖砌成，而旧城的城墙则为夯土墙。

新城的城墙长为十里有二，其高达三丈五尺余，其围以步计算亦有三千八百步之多，城内外包之以砖，共建有城门七座。

从此以后，睢州便即有了新旧二城，新旧两城彼此相连，旧城为正方，新城为椭圆，新城长而旧城狭，其形宛如“凸”字形，俗称凤凰城。

新旧二城外皆有护城河环绕，当门建有浮桥，并植柳以固河岸，官衙、儒学、仓廪、监狱、察院、卫所等官方机构大多都在旧城中，而新城则多为民宅和商肆。

自此，睢州二城并存，功能互补，成为中原地区的名城重镇。

到了崇祯四年的时候，因贼乱日甚，为防贼大规模修治了新旧两城，旧城原为土城，这次便在土墙外加砌砖石，门楼、敌台、女墙、羊马墙等也屹然一新，而新城本就为砖城，故仅作全面修葺。

不过，就在今年三月的时候，闯贼李自成攻破睢州后使百姓平毁了睢州的大部分城墙，尤以旧城为甚，还填平了部分壕沟。

虽然在罗汝才脱离闯贼，独自率军来到睢州之后，对当初拆毁的城墙进行修缮，但也只是夯土城墙，还没有来得及包砖。

罗汝才就抚于永宁伯之后，即获得了睢州卫指挥使的任命，他便率军占据了旧城，自己也搬进睢州知州衙署居住办公。

旧城内的察院、指挥使司等公廨也多为罗汝才手下大将占据，其中罗戴恩便占据了察院，而罗戴德则占据了指挥使司署。

而新任的布政使司右参政、分守道袁枢，因旧城中的公廨官署皆为罗汝才及其麾下占据，不得已便转到新城，以自己家的袁尚书府为公廨，在此地开府办公理事。

由此衍生了睢州城的同城分治新局面！

睢州旧城以罗汝才的指挥使司管理为主，军事军务皆出自这里；而新城则是以袁枢的分守道衙门管理为主，睢州的政务政令皆出自此处。

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