秋季，七月，北魏国主拓跋嗣在牛川大规模狩猎，抵达殷繁水后返回。戊戌日，回到平城。
八月，丙午日，东晋大赦天下。
宁州向太尉刘裕进献琥珀枕。刘裕因琥珀能治疗金属兵器造成的创伤，得到琥珀枕后非常高兴，便下令将它捣碎，分赐给北伐的将士。
随后，刘裕任命世子刘义符为中军将军，监管太尉留守府事务。任命刘穆之为左仆射，兼任监军、中军二府的军司，入住东府，总管朝廷内外事务。任命太尉左司马、东海人徐羡之为刘穆之的副手，左将军朱龄石守卫宫廷禁地，徐州刺史刘怀慎守卫京师，扬州别驾从事史张裕负责留州事务。刘怀慎是刘怀敬的弟弟。
刘穆之在内总管朝政，在外供应军需，决断事务迅速流畅，没有拖延积压。宾客聚集，各种请求和申诉层出不穷，朝廷内外的咨询禀报，挤满台阶和房屋；他用眼查看文书案卷，用手批复书信，用耳听取汇报，用口回应询问，同时进行而互不干扰，全都处理得当。他还喜好宾客，与人谈论说笑，整天感觉不到疲倦。偶尔有空闲，就亲手抄写书籍，查阅校对。他生性奢侈豪放，吃饭时菜肴摆满一丈见方的桌子，每天早上都要为十个人准备饮食，从未独自用餐。他曾对刘裕说：“我家原本贫贱，生活物资常常匮乏。自从承蒙您的提拔以来，虽然时常想着节约，但早晚的必需品，还是稍微过于丰盛了些。除此之外，我没有一丝一毫辜负您。”中军咨议参军张邵对刘裕说：“人的生命脆弱无常，应当长远考虑。如果刘穆之意外去世，谁能代替他？您的大业到了这个地步，倘若他有不测，后事该如何安排？”刘裕说：“这自然要托付给刘穆之和你了。”
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丁巳日，刘裕从建康出发，派遣龙骧将军王镇恶、冠军将军檀道济率领步兵从淮河、淝水向许昌、洛阳进军，新野太守朱超石、宁朔将军胡籓向阳城进军，振武将军沈田子、建威将军傅弘之向武关进军，建武将军沈林子、彭城内史刘遵考率领水军从石门出发，经汴水进入黄河，任命冀州刺史王仲德统领前锋各军，开辟巨野泽的道路进入黄河。刘遵考是刘裕的族弟。刘穆之对王镇恶说：“如今主公把讨伐后秦的重任托付给你，你要努力啊！”王镇恶说：“我如果不能攻克关中，发誓不再渡过长江！”
刘裕出发后，青州刺史檀祗擅自从广陵率领部众前往涂中，突袭讨伐逃亡的人。刘穆之担心檀祗发动叛乱，商议想要派遣军队防备。当时檀韶担任江州刺史，张邵说：“如今檀韶占据长江中游，檀道济是北伐军的主将，若我们表现出怀疑的迹象，太尉府就会立刻陷入危险。不如主动派人前去慰问犒劳，观察他的意图，必定不会有祸患。”刘穆之于是放弃了派兵的想法。
起初，北魏国主拓跋嗣派公孙表讨伐白亚栗斯，并叮嘱他：“一定要先与后秦洛阳守将互通消息，让他们防备黄河南岸，之后再发起进攻。”公孙表还没到目的地，胡人就废黜了白亚栗斯，改立刘虎为率善王。公孙表认为胡人内部离心离德，势必会溃败离散，于是不告知后秦将领就发起进攻，结果被刘虎打得大败，士兵死伤惨重。
拓跋嗣与大臣们商议：“胡人叛乱已超过一年，讨伐却不能取胜，他们人数众多，造成的祸患日益加深。如今已是深秋，不能再征调军队，以免妨碍百姓农事，该怎么办？”白马侯崔宏说：“胡人身虽多，却没有善战的将领统领，终究成不了大气候。公孙表等人的军队，兵力并不薄弱，只是军纪不严、处置失当，才导致失败。只要派一位素来有威望的大将，率领几百名骑兵前往接管公孙表的军队，没有攻克不了的。相州刺史叔孙建之前在并州时，让胡人、魏人都畏惧服从，其他将领都比不上他，可以派他去。”拓跋嗣听从了建议，任命叔孙建为中领军，统领公孙表等人讨伐刘虎。九月，戊午日，北魏军队大败胡人，斩杀一万多人，刘虎和司马顺宰都战死，俘虏胡人十万多口。
太尉刘裕抵达彭城，朝廷加授他兼任徐州刺史；任命太原人王玄谟为从事史。
当初，王廞战败时，僧人昙永藏匿了他的小儿子王华，让王华提着衣物行李跟随自己，渡口的巡逻兵起了疑心。昙永呵斥王华：“奴才还不快点走！”并打了他几十棍，王华因此得以逃脱；后来遇到大赦，才返回吴地。因父亲的生死不明，王华只吃粗布衣服、素食，断绝交游、不做官，这样过了十几年。刘裕听说王华贤能，想任用他，于是公布王廞的死讯，让王华守丧。王华守丧期满后，刘裕征召他担任徐州主簿。
王镇恶、檀道济进入后秦境内，所到之处都取得胜利。后秦将领王苟生献出漆丘投降王镇恶，徐州刺史姚掌献出项城投降檀道济，其他据点的守军都望风归降。只有新蔡太守董遵拒不投降，檀道济攻克新蔡城，抓获董遵并将他杀死。晋军继续进军，攻克许昌，擒获后秦颍川太守姚垣和大将杨业。沈林子从汴水进入黄河，襄邑人董神虎聚集一千多人前来投降。太尉刘裕任命他为参军。沈林子与董神虎一起进攻仓垣，攻克该城，后秦兖州刺史韦华投降。董神虎擅自返回襄邑，沈林子将他杀死。
后秦东平公姚绍对后秦主姚泓说：“晋军已越过许昌，安定孤立遥远，难以救援守卫，应当迁徙安定的镇户（由军户组成的居民），充实京城地区，这样能得到十万精兵。即便晋军、夏军同时入侵，也不至于亡国。否则，晋军进攻豫州，夏军进攻安定，该如何应对？时机已到，应当迅速决断。”左仆射梁喜说：“齐公姚恢有威望，被岭北地区畏惧，安定的镇户已与赫连勃勃结下深仇，按情理必定会拼死坚守、没有二心。赫连勃勃终究不能越过安定远道侵犯京城；如果失去安定，胡人的骑兵一定会打到郿城。如今关中的兵力足以抵御晋军，没必要无故削弱自己。”姚泓听从了梁喜的建议。吏部郎懿横秘密对姚泓说：“姚恢在广平公（姚弼）作乱时，对陛下有忠诚之功。自从陛下登基继位，没有给予特殊赏赐来回报他的心意。如今对外将他置于危险之地，对内不让他参与朝廷大权，安定人自认为孤立危险、逼近敌寇，想南迁的人十户有九户。如果姚恢率领几万精兵，大张旗鼓向京城进军，岂不会成为国家的祸患！应当将他征召回朝廷，安抚他的心。”姚泓说：“如果姚恢怀有叛乱之心，征召他反而会加速灾祸降临。”又没有听从。
此时，王仲德的水军进入黄河，即将逼近滑台。北魏兖州刺史尉建畏惧怯懦，率领部众弃城而逃，向北渡过黄河。王仲德进入滑台，宣称：“晋朝原本想用七万匹布帛向魏国借道，没想到魏国守将竟弃城逃走。”北魏国主拓跋嗣听说后，派遣叔孙建、公孙表从河内前往枋头，随后领兵渡过黄河，在滑台城下斩杀尉建，并将他的尸体投入黄河。北魏军队呼喊王仲德的士兵，质问他们侵犯的意图。王仲德派司马竺和之回答：“刘太尉派王征虏（王仲德）从黄河进入洛阳，清扫先帝陵墓，不敢对魏国发动侵犯。魏国守将自己弃城离去，王征虏只是借空城休整军队，很快就会向西进军，不会破坏晋、魏两国的友好关系，何必大张旗鼓显示威势呢！”拓跋嗣让叔孙建向太尉刘裕质问，刘裕用谦逊的言辞道歉说：“洛阳是晋朝的旧都，却被羌人占据；晋朝想修复先帝陵墓已经很久了。羌族中的司马氏宗族，如司马休之、司马国璠兄弟，鲁宗之父子，都是晋朝的祸害，而羌人收留他们，成为晋朝的隐患。如今晋朝将要讨伐羌人，想向魏国借道，不敢做不利魏国的事。”北魏河内镇将于栗磾有勇猛之名，在黄河岸边修筑营垒防备晋军突袭。刘裕写信给他，信上题“黑槊公麾下”。于栗磾喜欢手持黑槊（黑色长矛）来标榜自己，所以刘裕用这个称呼指代他。北魏于是任命于栗磾为黑槊将军。
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冬季，十月，壬戌日，北魏国主拓跋嗣前往豺山宫。
起初，北燕将领库傉官斌投降北魏，不久后又反叛回到北燕。北魏国主拓跋嗣派遣骁骑将军延普渡过濡水进攻库傉官斌，将他斩杀；随后进攻北燕幽州刺史傉官昌、征北将军库傉官提，将两人都斩杀。
后秦的阳城、荥阳两城都投降晋军，晋军进军到成皋。后秦征南将军、陈留公姚洸镇守洛阳，派使者向长安求救。后秦主姚泓派遣越骑校尉阎生率领三千骑兵救援洛阳，武卫将军姚益男率领一万步兵协助守卫洛阳，又派遣并州牧姚懿南下驻守陕津，作为洛阳的声援。宁朔将军赵玄对姚洸说：“如今晋军入侵越来越深，人心惊骇动摇，我们寡不敌众，如果出战失利，国家大事就完了。应当集中各据点的兵力，坚守金墉城，等待西部援军到来。金墉城攻不下来，晋军必定不敢越过我们向西进军，这样我们就能不战而坐待晋军疲惫。”司马姚禹暗中与檀道济勾结，主簿阎恢、杨虔都是姚禹的同党，他们一起嫉妒赵玄，对姚洸说：“殿下凭借英武谋略，肩负一方重任；如今环城固守、显示软弱，恐怕会被朝廷责备吧！”姚洸认为有理，于是派赵玄率领一千多名士兵南下驻守柏谷坞，派广武将军石无讳向东驻守巩城。赵玄哭着对姚洸说：“我受三代君主（姚苌、姚兴、姚泓）的重恩，坚守的志向只有一死而已。但明公不听忠臣的话，被奸人误导，将来必定后悔。”不久后，成皋、虎牢都投降晋军，檀道济等人长驱直入，石无讳逃到石关后，又逃回洛阳。龙骧司马、荥阳人毛德祖与赵玄在柏谷交战，赵玄兵败，身受十几处伤，趴在地上大声呼喊。赵玄的司马蹇鉴冒着刀刃抱住赵玄哭泣，赵玄说：“我的伤已很重，你应该尽快离开！”蹇鉴说：“将军不能脱险，我离开后能去哪里！”最终与赵玄一起战死。姚禹翻越城墙投奔檀道济，甲子日，檀道济进逼洛阳。丙寅日，姚洸出城投降。檀道济俘获后秦士兵四千多人，有人提议将他们全部活埋，筑成京观（炫耀战功的土堆）。檀道济说：“讨伐有罪、安抚百姓，就在今天！”于是将俘虏全部释放遣返。从此，夷人、汉人都感动喜悦，前来归附的人很多。阎生、姚益男还没到达洛阳，听说洛阳已沦陷，便不敢再前进。
己丑日，朝廷下诏派遣兼司空、高密王司马恢之前往洛阳，拜谒五位先帝（宣帝、景帝、文帝、武帝、惠帝）的陵墓，并设置守卫。太尉刘裕任命冠军将军毛修之为河南、河内二郡太守，代理司州事务，驻守洛阳。
西秦王乞伏炽磐派秦州刺史王松寿镇守马头，逼近后秦的上邽。
十一月，甲戌日，北魏国主拓跋嗣返回平城。
太尉刘裕派遣左长史王弘返回建康，暗示朝廷赐予自己九锡（古代帝王赐给重臣的九种礼器，象征特殊荣宠）。当时刘穆之掌管留守事务，而刘裕的旨意从北方传来，刘穆之因此羞愧恐惧，生病卧床。王弘是王珣的儿子。十二月，壬申日，朝廷下诏任命刘裕为相国、总百揆（总领百官）、扬州牧，将十个郡封为宋公的封地，赐给九锡之礼，地位在诸侯王之上，仍兼任征西将军及司、豫、北徐、雍四州刺史。刘裕推辞不接受。
西秦王乞伏炽磐派遣使者拜见太尉刘裕，请求进攻后秦来效力。刘裕任命乞伏炽磐为平西将军、河南公。
后秦姚懿的司马孙畅劝说姚懿袭击长安，诛杀东平公姚绍，废黜后秦主姚泓，取而代之。姚懿认为可行，于是散发粮食赏赐黄河以北的夷人、汉人，想树立个人恩惠。左常侍张敞、侍郎左雅劝谏说：“殿下作为皇帝的同母弟弟，镇守一方，国家的安危祸福与您息息相关。如今吴地（晋朝）敌寇入侵，四个州已沦陷，西部的夏国骚扰边境，秦、凉二州战败覆没，朝廷已危如累卵。粮食是国家的根本，殿下却无故散发，耗尽国家储备，将来该怎么办？”姚懿听后大怒，将两人用鞭子打死。
姚泓听说后，召来东平公姚绍，秘密与他商议。姚绍说：“姚懿性情见识浅薄，容易被人左右。谋划此事的，一定是孙畅。只需派人火速征召孙畅，派抚军将军姚赞占据陕城，我前往潼关调度各军。如果孙畅奉诏前来，我就派姚懿率领河东现有的军队，共同抵御晋军；如果他不接受诏命，就公开他的罪行讨伐他。”姚泓说：“叔父的话，是拯救国家的计策。”于是派遣姚赞及冠军将军司马国璠、建义将军也玄驻守陕津，派武卫将军姚驴驻守潼关。
姚懿随即起兵称帝，向各州郡传递檄文，想运送匈奴堡的粮食给镇户。宁东将军姚成都抵抗他，姚懿用谦卑的言辞引诱，送佩刀作为誓约，姚成都不听。姚懿派骁骑将军王国率领几百名披甲士兵进攻姚成都，姚成都击败并擒获王国，派使者责备姚懿说：“明公作为皇室至亲，肩负重任，国家危难却不能救援，反而图谋不轨；三代先帝的神灵，难道会帮助明公吗！我将集结义兵，到黄河岸边与明公对质。”于是向各城传递檄文，阐明顺逆之道，征调军队和粮食讨伐姚懿。姚懿也征调各城士兵，但没有人响应他，只有临晋几千户人家响应。姚成都领兵渡过黄河，进攻临晋的叛军，将他们击败。安定人郭纯等起兵包围姚懿。东平公姚绍进入蒲阪，擒获姚懿，诛杀孙畅等人。
这一年，北魏卫将军、安城孝元王叔孙俊去世。北魏国主拓跋嗣非常惋惜，对叔孙俊的妻子桓氏说：“他活着时你与他共享荣华，死后能与他共赴黄泉吗？”桓氏于是上吊自杀，与叔孙俊合葬。
丁零人翟猛雀驱赶劫掠官吏百姓，进入白三间发动叛乱；北魏内都大官、河内人张蒲与冀州刺史长孙道生讨伐他。长孙道生是长孙嵩的侄子。长孙道生想进兵攻击翟猛雀，张蒲说：“官吏百姓并非乐意叛乱，而是被翟猛雀胁迫罢了。如今不加以区分，一并进攻，他们即便想回归善道，也无路可走，必定会同心协力，占据险要抵抗官军，不容易迅速平定。不如先派使者劝谕他们，声明不与翟猛雀同谋的人都不会被治罪，这样他们必定高兴地离散。”长孙道生听从了建议，投降的有几千户人家，让他们恢复旧业。翟猛雀与他的党羽一百多人逃走，张蒲等人追击，斩杀翟猛雀；左部尚书周几彻底讨伐残余党羽，将他们全部诛杀。