张纲为刘裕制造攻城器械，用尽各种精巧的设计。慕容超大怒，将张纲的母亲悬挂在城墙上，把她肢解处死。
这时，西秦王乞伏乾归立夫人边氏为王后，立世子乞伏炽磐为太子，同时任命乞伏炽磐都督中外诸军事、录尚书事。任命屋引破光为河州刺史，镇守枹罕；任命南安人焦遗为太子太师，让他参与谋划军国大事。乞伏乾归说：“焦先生不只是有名的儒生，更是能辅佐帝王的人才。”他对乞伏炽磐说：“你对待焦先生，应当像对待我一样恭敬。”乞伏炽磐在焦遗的床前下拜行礼。焦遗的儿子焦华极其孝顺，乞伏乾归想把女儿嫁给他，焦华推辞说：“凡是娶妻的人，都是想和妻子一起侍奉父母。如今大王的女儿身份尊贵，下嫁给我这样的平民，实在不是合适的匹配，我担心自己无法承担家务，这不是我所愿的。”乞伏乾归说：“你的品行，是古人才能有的，我的女儿配不上你，不能勉强你。”于是任命焦华为尚书民部郎。
北燕王高云（后燕慕容宝养子，后改高姓）因自己没有功劳德行却身居高位，内心怀有不安和恐惧，常常豢养壮士作为自己的心腹亲信。他的宠臣离班、桃仁专门掌管宫廷禁军，高云赏赐给他们的财物数以万计，衣食起居都和他们在一起，但离班、桃仁的欲望始终没有满足，仍然心怀怨恨。十月戊辰日，高云在东堂上朝，离班、桃仁怀里藏着剑、手里拿着文书进入东堂，声称有事情启奏。离班突然抽出剑袭击高云，高云用案几抵挡；桃仁从旁边夹击高云，将他杀死。
随后，冯跋登上洪光门观察局势变化，帐下督张泰、李桑对冯跋说：“这两个小子能有什么作为，请让我们为您斩杀他们！”于是二人拔剑冲下城门，李桑在西门斩杀离班，张泰在庭院中杀死桃仁。大臣们推举冯跋为主君，冯跋把位置让给弟弟范阳公冯素弗，冯素弗不同意。冯跋于是在昌黎（今辽宁义县）登上天王之位，实行大赦，下诏书说：“陈氏取代姜氏（指战国时田氏代齐，田氏先祖为陈氏），没有改变‘齐’的国号。我们应当沿用‘燕’的国号。”改年号为“太平”，追谥高云为惠懿皇帝。冯跋尊奉母亲张氏为太后，立妻子孙氏为王后，立儿子冯永为太子；任命范阳公冯素弗为车骑大将军、录尚书事，孙护为尚书令，张兴为左仆射，汲郡公冯弘为右仆射，广川公冯万泥为幽、平二州牧，上谷公冯乳陈为并、青二州牧。冯素弗年轻时豪爽侠义、行为放荡，曾向尚书左丞韩业求婚，韩业拒绝了他。等到冯素弗成为宰相后，对待韩业却更加优厚。他喜欢提拔出身名门旧族的人才，自身谦恭节俭，以身作则，文武百官都敬畏他，议论朝政的人都称赞他有宰相的气度。
北魏君主拓跋珪准备立齐王拓跋嗣为太子。按照北魏旧例，凡是立继承人，总要先杀死继承人的母亲，于是拓跋珪赐拓跋嗣的母亲刘贵人自杀。拓跋珪召见拓跋嗣，对他说：“汉武帝杀死钩弋夫人，是为了防止太后干预朝政、外戚作乱。你将要继承皇位，我特意效仿古人，这是为国家长远考虑。”拓跋嗣生性孝顺，悲痛哭泣不止。拓跋珪对他发怒。拓跋嗣返回住处后，日夜痛哭，拓跋珪知道后，便再次召见他。身边的人对拓跋嗣说：“皇上非常愤怒，你要是进去，后果难以预料，不如暂时躲避一下，等皇上怒气平息后再进去。”拓跋嗣于是逃到外面躲藏起来，只有帐下侍从代人车路头、京兆人王洛儿两人跟随他。
当初，拓跋珪前往贺兰部时，看到献明贺太后的妹妹容貌美丽，就对贺太后说，想娶她为妻。贺太后说：“不行。她太美丽了，一定会带来不好的结果，而且她已经有丈夫，不能强夺。”拓跋珪听后，便在暗中派人杀死她的丈夫，然后娶她为妻，生下清河王拓跋绍。拓跋绍凶狠残暴、品行无赖，喜欢在街巷里闲逛，抢劫行人取乐。拓跋珪曾愤怒地把他倒悬在井中，直到他快要死去时，才把他拉上来。齐王拓跋嗣多次教导责备拓跋绍，拓跋绍因此与拓跋嗣关系不和。
紧接着，拓跋珪斥责贺夫人，将她囚禁起来，准备杀死她。恰逢天色已晚，未能处决。贺夫人暗中派人告诉拓跋绍说：“你怎么救我？”拓跋珪平时残忍暴虐，身边的人都心怀恐惧。当时拓跋绍十六岁，深夜，他与帐下侍从以及宫中宦官、宫女几人合谋，翻墙进入皇宫，抵达天安殿。身边的侍从呼喊：“有贼寇！”拓跋珪惊慌起身，想找弓箭刀剑却没找到，最终被拓跋绍杀死。
十月己巳日，皇宫的大门直到中午还没打开。拓跋绍假传诏书，召集文武百官到端门前，让他们面向北方站立。拓跋绍从宫门的门缝中对百官说：“我有叔父，也有兄长，你们想跟随谁？”众人惊愕失色，没有人敢回答。过了很久，南平公长孙嵩说：“我们跟随大王（指拓跋绍）。”众人这才知道拓跋珪已经去世，但不知道其中的缘故，都不敢出声，只有阴平公拓跋烈大哭着离开。拓跋烈是拓跋仪的弟弟。于是朝廷内外人心惶惶，人人都有不同的想法。肥如侯贺护在安阳城（今河北阳原东南）北点燃烽火，贺兰部的人都前往投奔他，其他各部也各自聚集兵马。拓跋绍听说人心不安，便拿出大量布帛赏赐王公以下官员，只有崔宏不肯接受。
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齐王拓跋嗣听说皇宫发生变故，就从外面返回，白天躲藏在山中，晚上住在王洛儿家。王洛儿的邻居李道暗中供给拓跋嗣饮食，民间渐渐有人知道拓跋嗣的下落，都高兴地相互转告；拓跋绍听说后，便下令抓获李道，将他处死。拓跋绍招募人寻找拓跋嗣，想杀死他。猎郎叔孙俊和北魏宗室旁支拓跋磨浑，自称知道拓跋嗣的藏身之处，拓跋绍派帐下两名侍从跟随他们前去寻找；叔孙俊、拓跋磨浑出门后，立即抓住这两名侍从，前往拜见拓跋嗣，并将他们斩杀。叔孙俊是叔孙建的儿子。王洛儿为拓跋嗣往返平城（北魏都城，今山西大同），与大臣们联系，深夜，他把情况告诉安远将军安同等人。大臣们听说后，纷纷响应，争相出城迎接拓跋嗣。拓跋嗣抵达平城城西，卫士们抓住拓跋绍，把他送到拓跋嗣面前。拓跋嗣杀死拓跋绍和他的母亲贺氏，同时诛杀拓跋绍的帐下侍从以及宫中为他做内应的宦官、宫女十多人。其中最先动手杀害拓跋珪的人，大臣们把他切成肉块吃掉。
十月壬申日，拓跋嗣登上皇帝位，实行大赦，改年号为“永兴”。追尊刘贵人为宣穆皇后，凡是此前被罢免回家、不参与朝政的公卿大臣，都被召回任用。拓跋嗣下诏，命长孙嵩与北新侯安同、山阳侯奚斤、白马侯崔宏、元城侯拓跋屈等八人，坐在止车门右侧，共同处理朝政，当时的人称之为“八公”。拓跋屈是拓跋磨浑的父亲。拓跋嗣因尚书燕凤曾侍奉过代国君主拓跋什翼犍（拓跋珪祖父），就让他和都坐大官封懿等人入宫，陪伴自己讲论经书，出宫参与商议朝政。任命王洛儿、车路头为散骑常侍，叔孙俊为卫将军，拓跋磨浑为尚书，都赐予郡公或县公的爵位。拓跋嗣询问旧臣中哪些人是先帝拓跋珪的亲信，王洛儿提到李先。拓跋嗣召见李先，问他：“你凭借什么才能、什么功劳，被先帝看重？”李先回答：“我没有才能，也没有功劳，只是因为忠诚正直，才被先帝看重。”拓跋嗣下诏任命李先为安东将军，让他经常住在宫中，随时准备回答自己的询问。朱提王拓跋悦是拓跋虔的儿子，他犯了罪，内心既自责又恐惧。闰十一月丁亥日，拓跋悦怀揣匕首入宫侍奉拓跋嗣，准备发动叛乱。叔孙俊察觉他的举止异常，伸手拉住他，搜查他的怀中，找到匕首，于是杀死拓跋悦。
十二月乙巳日，太白星（金星）侵犯虚宿、危宿（古代天文术语，认为是天象异常，可能预示灾祸）。南燕灵台令（掌管天文历法的官员）张光劝说慕容超出城投降，慕容超亲手杀死张光。
接着，柔然（古代北方游牧民族）侵犯北魏。
公元410年，春季，正月初一（甲寅朔），南燕君主慕容超登上广固城的天门，在城墙上朝见文武百官。正月初二（乙卯），慕容超和宠妃魏夫人登上城墙，看到东晋军队兵力强盛，两人握手相对而哭。韩卓劝谏说：“陛下正遭遇危难，应当努力自强，来鼓舞士兵和百姓的斗志，怎么反而像小儿女一样哭泣呢！”慕容超擦去眼泪，向韩卓道歉。尚书令董铣劝说慕容超出降，慕容超发怒，将他囚禁起来。
接着，北魏长孙嵩率领军队讨伐柔然。
北魏君主拓跋嗣因郡县中的豪强地主大多成为百姓的祸患，便用优待的诏书征召他们入朝。百姓留恋故土，不愿迁往京城，地方官吏强迫他们迁徙，于是一些无赖少年逃亡聚集，各地盗贼纷纷兴起。拓跋嗣召集“八公”商议此事，说：“我想为百姓铲除祸害，可地方官吏却不能安抚，反而让局势混乱。现在犯法的人已经很多，不能全部诛杀，我想实行大赦来安定他们，怎么样？”元城侯拓跋屈说：“百姓逃亡做盗贼，不惩处却赦免他们，这是君主反过来向臣下妥协，不如诛杀首恶，赦免其余党羽。”崔宏说：“圣明的君主治理百姓，只以安定为要务，不会和百姓争胜负。大赦虽然不是常规做法，但可以灵活变通。拓跋屈想先诛杀再赦免，关键是这两种做法都无法消除隐患，不如一次大赦就平定局势！如果赦免后还有人不服从，再诛杀也不晚。”拓跋嗣听从了崔宏的建议。二月初一（癸未朔），拓跋嗣派遣将军于栗磾率领一万骑兵讨伐不服从命令的人，所到之处都被平定。
南燕的贺赖卢、公孙五楼挖地道出击东晋军队，但没能击退晋军。广固城长期关闭，城中男女百姓有一大半患上脚病，身体虚弱，出城投降的人接连不断。慕容超乘坐辇车登上城墙，尚书悦寿劝说慕容超：“如今上天帮助敌军作恶，战士疲惫憔悴，我们独自坚守这座孤城，又没有外援的希望，天时人事已经很清楚了。如果国运已尽，即便是尧、舜也会退位，陛下难道不考虑变通的办法吗！”慕容超叹息说：“国家的兴亡是天命。我宁愿拔剑战死，也不会双手反绑投降求生！”
二月初五（丁亥），刘裕率领全部兵力攻城。有人说：“今天是‘往亡日’（古代认为不吉利的日子），不利于出兵。”刘裕说：“我们前往，他们灭亡，有什么不吉利的！”晋军从四面猛攻广固城。悦寿打开城门，迎接晋军入城，慕容超和身边数十名骑兵翻越城墙突围逃跑，被晋军追上抓获。刘裕列举慕容超拒不投降的罪状，慕容超神色镇定，一言不发，只把母亲托付给刘敬宣。刘裕因广固城久攻不下而发怒，想把城中军民全部活埋，把他们的妻子女儿赏赐给将士。韩范劝谏说：“晋朝皇室南迁后，中原混乱动荡，百姓没有依靠，谁强大就归附谁，既然成为君臣，就必须为君主尽力。这些人都是世家大族的后代，是先帝的遗民；如今朝廷的军队讨伐叛逆，却要把他们全部活埋，让百姓归附哪里呢！我担心西北的百姓再也没有盼望朝廷拯救的念头了。”刘裕脸色变得温和，赶忙向韩范道歉，但还是斩杀了南燕王公以下官员三千人，没收一万多户家属为奴婢，拆毁广固城的城墙，把慕容超押送到建康处死。
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对此，司马光说：晋朝自从渡过长江以来，国威衰弱，戎狄横行，像猛虎一样吞噬中原。刘裕开始率领朝廷军队平定东方的敌国，却不在此时表彰贤才、礼遇俊杰，安抚疲惫的百姓，宣扬仁爱的风气，清除残暴的政令，让士人向往朝廷，遗民翘首期盼，反而肆意屠杀来发泄愤怒。看他的所作所为，连苻氏、姚氏（前秦、后秦）都比不上，难怪他不能统一天下、成就伟大的功业，这难道不是因为他虽有智慧和勇气，却没有仁义之心才导致的吗！
起初，徐道覆听说刘裕北伐南燕，便劝说卢循趁东晋后方空虚袭击建康，卢循没有听从。徐道覆亲自到番禺劝说卢循：“我们本来住在五岭以南，难道要在这里终老，把地盘传给子孙吗？只是因为刘裕难以对抗才这样。如今刘裕把军队驻扎在坚固的城池下，没有返回的日期，我们用这些渴望回归故土的敢死士兵袭击何无忌、刘毅等人，易如反掌。不抓住这个机会，反而苟且追求一时的安定，朝廷一直把您视为心腹大患；如果刘裕平定南燕后，休整军队一年多，用诏书征召您，他亲自率军驻守豫章，派遣将领率领精锐部队越过五岭，即使您有神武之才，恐怕也难以抵挡。现在的机会，千万不能错过。如果先攻克建康，摧毁朝廷的根基，刘裕即使南返，也无能为力了。您如果不同意，我就率领始兴的军队直接进攻寻阳。”卢循很不乐意采取这一行动，但又无法反驳徐道覆的计划，于是听从了他。
起初，徐道覆派人在南康山中砍伐造船的木材，运到始兴后低价出售，当地人争相购买，木材大量堆积，却没人怀疑他的意图；到这时，徐道覆把木材全部取回建造战船，十天就完成了。卢循从始兴出发侵犯长沙，徐道覆侵犯南康、庐陵、豫章，各地的守将和地方官都弃城逃跑。徐道覆顺江而下，战船和武器装备十分精良。
当时攻克南燕的消息还没传到建康，朝廷紧急征召刘裕回师。刘裕正商议留在下邳镇守，谋划夺取司州、雍州，恰逢收到诏书，于是任命韩范为都督八郡军事、燕郡太守，封融为勃海太守，檀韶为琅邪太守；二月二十六（戊申），率领军队返回。檀韶是檀祗的兄长。过了很久，刘穆之诬告韩范、封融谋反，把他们都杀了。
安成忠肃公何无忌从寻阳率领军队抵御卢循。长史邓潜之劝谏说：“国家的安危，就在这一战。听说卢循的战船众多，势力处于上游，应当挖开南塘的堤坝，坚守豫章、寻阳两座城池等待他们，他们一定不敢绕过我们远道东下。我们养精蓄锐，等他们疲惫不堪后再出击，这是万无一失的计策。现在把成败寄托在一战上，万一失利，后悔就来不及了！”参军殷阐说：“卢循率领的部众都是三吴地区的旧贼，身经百战仍有勇气，始兴的溪族士兵，身手敏捷、善于战斗，不能轻视。将军应当留驻豫章，向所属城池征兵，等兵力集中后再交战，还不算晚。如果用现在的兵力轻率进军，恐怕一定会后悔。”何无忌不听。三月二十（壬申），何无忌与徐道覆在豫章相遇，叛军命令数百名强弩手登上西岸的小山拦击晋军。恰逢西风猛烈，把何无忌乘坐的小船吹向东岸，叛军趁机用大战船逼近，晋军随即溃散。何无忌厉声喊道：“拿我的苏武节来！”符节送到后，他手持符节督战。叛军士兵云集，何无忌言辞神色毫无屈服，最终握着符节战死。于是朝廷内外震惊恐惧，大臣们商议想护送皇帝向北逃跑，投靠刘裕；不久得知叛军还没到建康，才停止这一计划。
这时，西秦王乞伏乾归攻打后秦的金城郡，攻克了该城。
夏王刘勃勃派遣尚书金纂攻打平凉。后秦王姚兴率军救援平凉，进攻金纂，将他杀死。刘勃勃又派遣侄子、左将军罗提攻克定阳，活埋后秦将士四千多人。后秦将领曹炽、曹云、王肆佛等人各自率领数千人逃往内地，姚兴把他们安置在湟山和陈仓。刘勃勃侵犯陇右，攻破白崖堡，随后进逼清水，略阳太守姚寿都弃城逃跑，刘勃勃把清水的一万六千户百姓迁徙到大城。姚兴从安定出发追击刘勃勃，追到寿渠川，没能追上，只好返回。
起初，南凉王秃发傉檀派遣左将军枯木等人讨伐沮渠蒙逊，劫掠临松一千多户百姓后返回。沮渠蒙逊讨伐南凉，抵达显美，迁徙数千户百姓后离去。南凉太尉俱延再次讨伐沮渠蒙逊，结果大败而回。这个月，秃发傉檀亲自率领五万骑兵讨伐沮渠蒙逊，双方在穷泉交战，秃发傉檀大败，独自骑马逃回。沮渠蒙逊乘胜进军包围姑臧，姑臧百姓因王钟被诛杀的事（此前王钟等人谋降后秦，被秃发傉檀处死），都惊慌溃散，一万多户夷族、汉族百姓投降沮渠蒙逊。秃发傉檀恐惧，连忙派遣司隶校尉敬归和儿子秃发佗到沮渠蒙逊那里做人质，请求讲和，沮渠蒙逊同意了。敬归走到胡坑时，趁机逃回，秃发佗被追兵抓获，沮渠蒙逊迁徙南凉八千多户百姓后离去。南凉右卫将军折掘奇镇占据石驴山反叛。秃发傉檀既害怕沮渠蒙逊的逼迫，又担心岭南被折掘奇镇占据，于是迁都到乐都，留下大司农成公绪镇守姑臧。秃发傉檀刚出城，魏安人侯谌等人就关闭城门作乱，聚集三千多家百姓，占据姑臧南城，推举焦朗为大都督、龙骧大将军，侯谌自称凉州刺史，向沮渠蒙逊投降。
小主，
此时，刘裕抵达下邳，用船装载军用物资，亲自率领精锐部队步行返回。到达山阳时，听说何无忌战败身亡，担心京城失守，便脱下铠甲，加速行军，与数十人赶到淮河岸边，向路人询问朝廷的消息，路人说：“叛军还没到，刘公如果回来，就没什么可担心的了。”刘裕大喜。准备渡江时，风势猛烈，众人都认为难以渡江。刘裕说：“如果上天帮助国家，风就会自行停止；如果不是这样，淹死又有什么可怕的！”当即下令上船，船刚开动，风就停了。渡过长江后，抵达京口，众人这才安心。夏季，四月初二（癸未），刘裕到达建康。他因江州失陷，便上奏表请求交回印绶，朝廷下诏不同意。
青州刺史诸葛长民、兖州刺史刘籓、并州刺史刘道怜各自率领军队入京保卫建康。刘籓是兖州刺史刘毅的堂弟。刘毅听说卢循侵犯，准备率军抵御，却突然生病；病愈后，准备出发。刘裕给刘毅写信说：“我过去多次攻打妖贼，熟悉他们的战术变化。叛军刚获得胜利，势头不可轻视。现在我修整战船即将完成，准备和你一同进军。平定叛军后，上游地区的重任，都交给你。”又派遣刘籓前去劝止他。刘毅发怒，对刘籓说：“过去只是因为一时的功劳推举他，你就真的认为我比不上刘裕吗！”说着，就把信扔在地上，率领两万水军从姑孰出发。
卢循刚开始入侵时，派徐道覆进攻寻阳，自己率军攻打湘中各郡。荆州刺史刘道规派遣军队迎战，在长沙战败。卢循进军到巴陵，准备攻打江陵。徐道覆听说刘毅即将到来，便派人火速告诉卢循：“刘毅的军队兵力强盛，成败的关键就在这一战，应当集中兵力摧毁他。如果这一战胜利，江陵就不值得担心了。”卢循当天从巴陵出发，与徐道覆合兵东下。五月初七（戊午），刘毅与卢循在桑落洲交战，刘毅的军队大败，他放弃战船，率领数百人步行逃跑，其余部众都被卢循俘虏，丢弃的军用物资堆积如山。
起初，卢循抵达寻阳时，听说刘裕已经返回建康，还不相信；攻克刘毅的军队后，才确认这一消息，他和党羽们相视失色。卢循想退回寻阳，攻取江陵，占据江州、荆州来对抗朝廷。徐道覆认为应当乘胜直接进军建康，坚决争论。卢循犹豫了几天，最终听从了徐道覆的建议。
五月初八（己未），东晋实行大赦。刘裕招募百姓当兵，赏赐标准和当年京口起兵讨伐桓玄时相同。征发百姓修建石头城。有人建议分兵驻守各渡口要道，刘裕说：“叛军人数多，我们人数少，如果分兵驻守，就会让敌人摸清我们的虚实；而且一处失利，就会动摇三军的士气。现在把兵力集中在石头城，根据情况灵活应对，既让敌人无法猜测我们的兵力多少，又能集中力量。如果后续兵力逐渐集结，再慢慢商议其他策略。”
朝廷听闻刘毅战败，人心惶惶。当时北伐南燕的军队刚返回，将士大多受伤患病，建康的守军不足数千人。卢循攻克江州、豫州后，拥有十几万士兵，战船车马绵延百里不断，楼船高达十二丈，战败逃回的人争相诉说叛军的强盛。孟昶、诸葛长民想护送皇帝渡过长江北上，刘裕不同意。起初，何无忌、刘毅南下讨伐卢循时，孟昶就预料他们必定失败，后来果然如此。到这时，他又认为刘裕一定无法对抗卢循，不少人都相信他的判断。只有龙骧将军、东海人虞丘进在朝堂上反驳孟昶等人，认为并非如此。中兵参军王仲德对刘裕说：“明公您是辅佐当世的栋梁，刚建立大功，威震天下，妖贼趁虚入侵，如今听说您凯旋归来，必定会溃逃。如果您先自行逃跑，就会和普通百姓没区别，普通百姓的号令，怎么能威慑众人！如果这个计划被采纳，我请求从此告辞。”刘裕十分高兴。孟昶却坚持请求不已，刘裕说：“现在外地重镇沦陷，强敌逼近京城，人心惶恐，没有坚定的意志；如果一旦迁都，国家就会土崩瓦解，江北又岂能到达！即便能到达，也不过是拖延时日罢了。现在士兵虽少，但足够一战。如果能战胜，君臣就能共享太平；如果厄运必定降临，我会战死在皇宫门前，实现我向来以身报国的志向，不会逃窜到草野间苟且求生。我的计策已经定了，你别再多说！”孟昶因自己的建议不被采纳而愤怒，又认为必定失败，于是请求赐死。刘裕发怒说：“你暂且再参与一战，死又何必急于现在！”孟昶知道刘裕最终不会采纳他的建议，就上奏表自我陈述：“臣当初赞同刘裕北伐，众人都不同意，只有臣支持他的计划，导致强贼趁机入侵，国家危急，这是臣的罪过。谨此承担罪责，向天下人谢罪！”封好奏表后，孟昶服毒自杀。