五月十四（乙丑），卢循抵达淮口（秦淮河入长江处），朝廷内外实行戒严。琅邪王司马德文担任都督宫城诸军事，驻守中堂皇；刘裕驻守石头城，众将领各自领兵驻守要地。刘裕的儿子刘义隆才四岁，刘裕派咨议参军刘粹辅佐他，镇守京口。刘粹是刘毅的同族弟弟。

小主，

刘裕看到百姓在江边眺望叛军，感到奇怪，便询问参军张劭，张劭说：“如果您还没返回，百姓逃命都来不及，哪里还会眺望！现在他们应该不再恐惧了。叛军如果从新亭直接进军，势头不可阻挡，我们应当暂且回避，胜负难以预料；如果他们回师停泊在西岸，就一定会被擒获。”

徐道覆请求从新亭到白石一带烧毁战船，登陆进军，分几路攻打刘裕。卢循想求万全之策，对徐道覆说：“大军还没到，孟昶就已闻风自杀；从大势来看，京城理应不久就会溃乱。现在要在一天内决出胜负，靠冒险求利，既不是必定取胜的办法，还会损伤士兵，不如按兵不动等待时机。”徐道覆因卢循多疑少决，叹息说：“我最终会被卢公耽误，事情必定无法成功；如果能让我为真正的英雄效力，平定天下都不在话下。”

刘裕登上石头城眺望卢循的军队，起初看到叛军向新亭进军，他回头看向身边的人，脸色骤变；不久叛军回师停泊在蔡洲，他才面露喜色。这时，各路军队逐渐集结。刘裕担心叛军突袭，便采纳虞丘进的计策，砍伐树木在石头城和淮口设置栅栏，修缮越城，修筑查浦、药园、廷尉三座营垒，都派兵驻守。

刘毅历经蛮族和汉族地区，仅能独自逃脱，随从士兵又饥又累，死亡的有十分之七八。五月十五（丙寅），刘毅抵达建康，等待治罪。刘裕安慰勉励他，让他负责朝廷内外的留守事务。刘毅请求自我贬官，朝廷下诏将他降为后将军。

这时，北魏长孙嵩率军抵达漠北后返回，柔然军队追击并将他围困在牛川。五月二十一（壬申），北魏君主拓跋嗣率军北上攻打柔然。柔然可汗郁久闾社仑听说后，逃走途中去世；他的儿子郁久闾度拔还年幼，部众拥立社仑的弟弟郁久闾斛律，号称蔼苦盖可汗。拓跋嗣率军返回参合陂。

卢循在南岸埋伏军队，派老弱士兵乘船向白石进军，声称全军将从白石登陆。刘裕留下参军沈林子、徐赤特驻守南岸，封锁查浦，命令他们坚守不动；自己和刘毅、诸葛长民率军北上抵御。沈林子说：“妖贼说的这番话，未必属实，应当严加防备。”刘裕说：“石头城地势险要，而且淮河栅栏十分坚固，留下你在后驻守，足够守住。”沈林子是沈穆夫的儿子。

五月二十九（庚辰），卢循焚烧查浦，进军到张侯桥。徐赤特准备出击，沈林子说：“叛军声称前往白石，却多次前来挑战，他们的意图很明显。我们兵力寡不敌众，不如坚守险要等待大军回援。”徐赤特不听，于是出兵交战，叛军伏兵四起，徐赤特大败，独自乘船逃往淮北。沈林子和将军刘钟据守栅栏奋力作战，朱龄石率军救援，叛军才撤退。随后，卢循率领精锐士兵大规模登陆，抵达丹阳郡。刘裕率领各路军队火速返回石头城，斩杀徐赤特，让士兵脱下铠甲休整。过了很久，才出兵在南塘列阵。

六月，朝廷任命刘裕为太尉、中书监，加授黄钺（古代帝王授予大臣的仪仗，象征专断权力）；刘裕接受黄钺，推辞了其他官职。任命车骑中军司马庾悦为江州刺史。庾悦是庾准的儿子。

这时，司马国璠和弟弟司马叔璠、司马叔道逃往后秦。后秦王姚兴说：“刘裕正在诛杀桓玄、辅佐晋朝皇室，你们为什么来投奔我？”他们回答说：“刘裕削弱皇室权力，我们宗族中有自行建功立业的人，都被刘裕铲除。他正是国家的祸患，比桓玄更严重。”姚兴任命司马国璠为扬州刺史，司马叔道为交州刺史。

卢循在各县城劫掠却没有收获，对徐道覆说：“军队已经疲惫，不如返回寻阳，集中兵力攻取荆州，占据天下三分之二的土地，再慢慢和建康对抗。”秋季，七月初十（庚申），卢循从蔡洲南下返回寻阳，留下党羽范崇民率领五千人据守南陵。七月十四（甲子），刘裕派辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间内史兰陵人蒯恩、中军咨议参军孟怀玉等人率领军队追击卢循。

七月十五（乙丑），北魏君主拓跋嗣返回平城。

西秦王乞伏乾归讨伐越质屈机等十多个部落，降服两万五千人，将他们迁徙到苑川。八月，乞伏乾归再次把都城迁回苑川。

沮渠蒙逊讨伐西凉，在马庙击败西凉世子李歆，擒获西凉将领朱元虎后返回。西凉公李暠用两千斤白银、两千两黄金赎回朱元虎；沮渠蒙逊归还朱元虎，于是和李暠结盟后返回。

这时，刘裕返回东府，大规模整治水军，派遣建威将军、会稽人孙处，振武将军沈田子率领三千士兵从海路袭击番禺。沈田子是沈林子的兄长。众人都认为“海路艰难遥远，必定难以到达，而且分散现有兵力，不是当前急需的事”。刘裕不听，告诫孙处说：“大军在十二月初必定能击败妖虏，你到那时要先摧毁他们的巢穴，让他们逃跑后无处可归。”

谯纵派遣侍中谯良等人前往后秦朝见，请求派兵讨伐东晋。谯纵任命桓谦为荆州刺史，谯道福为梁州刺史，率领两万士兵侵犯荆州；后秦王姚兴派遣前将军苟林率领骑兵与他们会合。

小主，

江陵自从卢循东下后，就没有收到建康的消息，盗贼四起。荆州刺史刘道规派遣司马王镇之率领天门太守檀道济、广武将军彭城人到彦之率军入京救援建康。檀道济是檀祗的弟弟。

王镇之抵达寻阳时，被苟林击败。卢循听说后，任命苟林为南蛮校尉，分派兵员给他，让他乘胜攻打江陵，声称徐道覆已经攻克建康。桓谦在途中招募旧部和义士，百姓投奔他的有两万人。桓谦驻守枝江，苟林驻守江津，两路叛军逼近江陵，江陵的官员百姓大多怀有二心。刘道规于是召集将士，对他们说：“桓谦现在就在附近，听说各位中有不少人有离开的打算，我从东边带来的文武官员足够应对事务，如果有人想离开，我绝不禁止。”于是在夜间打开城门，直到天亮都不关闭。众人都敬畏服从，没有一人离开。

雍州刺史鲁宗之率领数千人从襄阳赶赴江陵。有人说鲁宗之的意图难以预测，刘道规独自骑马迎接他，鲁宗之感动喜悦。刘道规让鲁宗之留守江陵，把他当作心腹托付，自己率领各路军队攻打桓谦。众将佐都说：“现在远道出兵讨伐桓谦，取胜难以保证。苟林近在江津，窥探我们的动静，如果他来攻城，鲁宗之未必能坚守；万一有差错，大事就完了。”刘道规说：“苟林愚昧懦弱，没有奇计，他认为我离城不远，必定不敢攻城。我现在攻打桓谦，一到就能攻克；在他犹豫不决的时候，我已经返回了。桓谦失败后，苟林就会吓破胆，哪里有时间来攻城！况且鲁宗之独自坚守，怎么会支撑不了几天！”于是率军火速攻打桓谦，水陆并进。桓谦等人大规模部署水军，加上步兵骑兵，在枝江交战。檀道济率先冲锋攻破敌阵，桓谦等人大败。桓谦独自乘船逃往苟林处，刘道规追击并斩杀了他。返回江陵途中，抵达涌口时，讨伐苟林，苟林逃走，刘道规派遣咨议参军、临淮人刘遵率领军队追击。起初，桓谦抵达枝江时，江陵的官员百姓都给桓谦写信，告知城内虚实，想做内应；到这时，刘道规查获了这些信件，却全部烧毁不看，众人于是安定下来。

江州刺史庾悦任命鄱阳太守虞丘进为先锋，多次击败卢循的军队，进军占据豫章，切断卢循的粮道。九月，刘遵在巴陵斩杀苟林。

桓石绥趁卢循入侵之机，在洛口起兵，自称荆州刺史；征阳县令王天恩自称梁州刺史，袭击并占据西城。梁州刺史傅韶派遣儿子、魏兴太守傅弘之讨伐桓石绥等人，将他们全部斩杀，桓氏家族就此灭亡。傅韶是傅畅的孙子。

西秦王乞伏乾归攻打后秦的略阳、南安、陇西等郡，全部攻克，将两万五千户百姓迁徙到苑川和枹罕。

九月甲寅日，北魏将拓跋珪安葬在盛乐金陵，谥号为宣武，庙号为烈祖。

刘毅坚决请求追击卢循，长史王诞暗中对刘裕说：“刘毅已经战败，不宜再让他立功。”刘裕听从了他的建议。冬季，十月，刘裕率领兖州刺史刘籓、宁朔将军檀韶、冠军将军刘敬宣等人南下攻打卢循，任命刘毅为监太尉留府，后方事务都托付给他。十月癸巳日，刘裕从建康出发。

徐道覆率领三万士兵进军江陵，突然抵达破冢。当时鲁宗之已经返回襄阳，来不及追召，人心大为震动。有人传言卢循已经平定京城，派遣徐道覆来担任荆州刺史，江汉地区的官员百姓因感激刘道规烧毁信件的恩德，没有再怀二心。刘道规派刘遵另外率领游击军队，自己在豫章口抵御徐道覆，先锋部队失利；刘遵从外围横向袭击，大败叛军，斩杀一万多人，叛军跳水淹死的几乎殆尽。徐道覆独自乘船逃回湓口。起初，刘道规让刘遵率领游击军队，众人都认为“强敌当前，只担心兵力不足，不应分割现有兵力，把军队放在无用的地方”。等到击败徐道覆，最终靠的是游击军队的力量，众人才心服。

鲜卑族仆浑部落、羌族句岂部落、输报部落、邓若部落等，率领两万多户百姓向西秦投降。

王仲德等人听说刘裕大军即将到达，在南陵进攻范崇民，范崇民的战船分别停泊在长江两岸。十一月，刘钟亲自去侦察叛军，天降大雾，叛军用钩子钩住他的战船。刘钟于是率领身边士兵攻打叛军战船的舱门，叛军急忙关闭舱门抵抗。刘钟从容返回，与王仲德一起攻打范崇民，范崇民逃走。

十一月癸丑日，益州刺史鲍陋去世。谯道福攻陷巴东，杀死守将温祚、时延祖。

卢循驻守广州的士兵没有防备海路，十一月庚戌日，孙处从海路突然抵达，恰逢大雾，从四面攻城，当天就攻克广州城。孙处安抚当地旧民，诛杀卢循的亲党，整顿军队严密防守，分别派遣沈田子等人攻打岭南各郡。

刘裕的军队驻扎在雷池，卢循扬言不攻打雷池，要顺江直下。刘裕知道他想交战，十二月初二（己卯），进军到大雷。十二月初三（庚辰），卢循、徐道覆率领几万士兵沿江而下，前后的战船一眼望不到头。刘裕出动全部轻捷战船，率领各路军队合力攻击；又分派步兵骑兵驻扎在西岸，岸上的军队投掷火把焚烧叛军战船，一时间烟火冲天。卢循的军队大败，逃回寻阳；准备前往豫章，于是全力用栅栏阻断左里。十二月十九（丙申），刘裕的军队抵达左里，无法前进。刘裕指挥士兵准备交战，手中的指挥旗旗杆突然折断，旗帜沉入水中，众人都感到奇怪和恐惧。刘裕笑着说：“往年在覆舟之战中，旗杆也折断过，现在又这样，叛军必定会被击败。”随即下令攻打栅栏，向前推进。卢循的军队虽然拼死作战，却无法阻挡。卢循独自乘船逃走，被杀死和跳水淹死的叛军共一万多人。刘裕接纳叛军的投降者，赦免了被逼迫跟随叛军的人，派遣刘籓、孟怀玉率领轻装军队追击卢循。卢循收拢逃散的士兵，还有几千人，径直返回番禺；徐道覆逃走，据守始兴。刘裕任命建威将军褚裕之为广州刺史。褚裕之是褚裒的曾孙。刘裕返回建康。刘毅厌恶刘穆之，常常在和刘裕闲谈时说刘穆之权力太大，刘裕却更加亲近信任刘穆之。

北燕广川公冯万泥、上谷公冯乳陈，自认为是皇室宗室，有大功，认为应当入朝担任辅政大臣。北燕王冯跋因他们镇守外地重任在身，长期不征召他们入朝，两人都心怀怨恨。这一年，冯乳陈暗中派人告诉冯万泥说：“我有重要的计划，希望和叔父一起谋划。”冯万泥于是逃到白狼，与冯乳陈一起反叛，冯跋派遣汲郡公冯弘和张兴率领两万步兵骑兵讨伐他们。冯弘先派人向他们说明祸福；冯万泥想投降，冯乳陈不同意。张兴对冯弘说：“叛军明天会出战，今晚必定会来偷袭我们的军营，应当做好防备。”冯弘于是暗中命令士兵每人准备十束草，储存火种，埋伏士兵等待叛军。当天夜里，冯乳陈果然派遣一千多名壮士前来劫营，各处火种同时点燃，伏兵趁机拦击，将叛军全部俘获斩杀。冯万泥、冯乳陈恐惧，出城投降，冯弘将他们全部斩杀。冯跋任命范阳公冯素弗为大司马，改封辽西公；任命冯弘为骠骑大将军，改封中山公。